Né en Écosse, le Capitaine de frégate Stewart (Stew) Thomson a grandi à Peterborough, en Ontario, avant de s’enrôler dans la Marine canadienne en 1974. Après avoir terminé l’instruction initiale, il s’est spécialisé en contrôle d’aéronefs embarqués et en direction des tirs à bord des Navires canadiens de Sa Majesté (NCSM) Huron, Preserver, Saguenay et Ottawa. Il a ensuite servi à titre d’officier de combat à bord des NCSM Preserver et Saguenay. En 1994, il s’est joint à l’équipe de l’état-major du Commandant de groupe de forces interarmées multinationales 120.1 participant à l’opération Forward Action, l’embargo imposé à Haïti parrainé par l’ONU.
Parmi ses affectations à terre, on compte entre autres, une mission à titre d’officier d’avion d’instruction tactique au Centre de guerre navale des Forces canadiennes à Halifax, d’officier chargé des essais, à Lauzon (Québec) dans le cadre de la construction des NCSM Regina, Calgary et Ville de Québec, il a aussi été agent de planification pour la flotte de l’Atlantique du Canada.
Le Capf Thomson a servi pendant quatre ans pour le Commandant en chef Est de l’Atlantique, au siège de l’OTAN, à Northwood en Angleterre, à titre d’officier d’état‑major chargé de la Force navale permanente de l’Atlantique. Au terme de son affectation, il a reçu la Mention élogieuse du Commandant suprême des Forces alliées de l’Atlantique pour ses efforts.
De retour au Canada, il s’est joint à l’équipe de gestion des ressources humaines au Quartier général de la Défense nationale à Ottawa, d’abord comme gestionnaire des carrières et ensuite en tant que gestionnaire du GPM. Le Capf Thomson a occupé les fonctions d’attaché adjoint de la Marine des Forces canadiennes, à Washington, en août 2008.
Le Capf Thomson est marié à Beverly Halverson, originaire de Halifax, (Nouvelle‑Écosse). Ils ont une fille, Laurie, et un fils, Adam, qui habitent tous les deux à Ottawa (Ontario).